データはこちらから参照。
※ 赤字は現在の都道府県境
１広島、２山口、３東京、４名東（徳島）、５柏崎（上越地区）、６鹿児島、７岐阜、８飾磨（兵庫西部）、９新潟（中下越）、１０長崎という順です。柏崎と新潟を足すと、１位の広島よりかなり多くなり、当時一番人口が多かったのが現新潟県だったことがわかります。
明治政府の主役となった、鹿児島、佐賀、山口をはじめとした、九州地方、中国・四国地方、などが現在よりかなり大きくなっており、中世から現在にいたるまでで、一番人口シェアが多かった時期と思われます。
一方で、福島県など東北地方や関東の割合が、他の時代に比べて小さくなっています。（佐幕派の各県が戊辰戦争に負けたので、人口が流出していたのでしょう。あるいは、明治政府の取った統計に協力的でなかったので、数字が集まらなかったのかもしれません）。
全体的に見て、各県の人口差はあまりないように分県されているようで、ランキングを見てわかるとおり、特に東京や大阪・京都への集中も見られず、当時として規模を合わせて県境を決めたのではないかと想定されます。
ある意味、国土の均衡的は発展という意味では理想的な時代だったといえます。
あるいは江戸時代の封建体制化と地方での農地開拓が進んだため、地方の拠点地域がバランスよく発展したおかげとも考えられます。
関ヶ原時点や幕末のものと比較してみると面白いです。
↓こちら
日本の人口分布（1846年、幕末）
日本の人口分布（1600年面積地図、戦国時代から安土桃山時代）
[参考記事]
日本の人口分布（1150年面積地図、平安時代、源平の争い前夜）
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